L'orario della linea S9 non è affatto casuale, ma è stato per favorire le coincidenze con treni di altre linee suburbane e regionali. Le coincidenze dove presenti funzionano sempre in entrambe le direzioni, in quanto è stato scelto un orario simmetrico .
Le coincidenze elencate sono quelle che è possibile trovare scendendo da una qualsiasi S9. In direzione opposta funziona simmetricamente, come detto sopra. Ad esempio se un viaggiatore da Seregno scende a Monza dalla S9 e prende il treno RE per Centrale dopo 10 minuti, in direzione opposta dovrà prendere il RE da Centrale e a Monza dopo 10 minuti troverà sempre la S9 per andare a Desio.
Coincidenze scendendo da una S9 in direzione Albairate
Monza
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 10 minuti verso Milano Centrale (RE)
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 10 minuti verso Milano Porta Garibaldi
ogni ora in 15 minuti verso Molteno-Lecco
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 15 minuti verso Lecco-Tirano (RE)
Milano Lambrate
ogni ora in 10 minuti verso Mi Rogoredo-Lodi-Piacenza
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 10 minuti verso Pioltello-Bergamo (RE)
ogni ora in 15 minuti verso Mi Rogoredo-Pavia-Stradella
Albairate
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 10 minuti verso Mortara
Coincidenze scendendo da una S9 in direzione Seregno
Milano Lambrate
ogni mezz'ora in 5 minuti verso Milano Rogoredo
ogni mezz'ora in 10 minuti verso Pioltello-Brescia(-Verona)
ogni ora in 10 minuti verso Pavia-Voghera(-Genova) (RE)
ogni ora in 10 minuti verso Milano Centrale
Monza
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 10 minuti verso Carnate-Bergamo
Seregno
ogni ora (ogni mezz'ora in punta) in 15 minuti verso Chiasso (Linea S11)
ogni ora in 15 minuti verso Macherio-Carnate
